口腔粘膜病的治疗需根据具体类型来定。比如复发性阿弗他溃疡，一般7 - 10天可自愈，但也可局部用氯己定含漱液等促进愈合。
局部治疗为主的情况
药物含漱：对于一些口腔粘膜的炎症性疾病，像疱疹性口炎，可使用氯己定含漱液，它能起到杀菌消炎的作用，帮助减轻局部的炎症反应。局部涂抹：如果是口腔扁平苔藓，可局部涂抹糖皮质激素类药物，如地塞米松软膏，能缓解局部的充血、糜烂等症状，但要注意使用时间不宜过长。
全身用药辅助的情况
自身免疫性口腔粘膜病：像天疱疮这类自身免疫性的口腔粘膜病，可能需要全身使用糖皮质激素，如泼尼松。不过这类药物使用时要密切关注副作用，比如长期使用可能会导致骨质疏松等问题。病毒感染引起的口腔粘膜病：对于由病毒引起的口腔粘膜病，如手足口病，一般不需要特殊的抗病毒药物全身治疗，但如果病情较重，可在医生评估下使用干扰素等药物辅助治疗。
去除局部刺激因素
不良修复体刺激：如果是因为口腔内有不合适的假牙等不良修复体导致的口腔粘膜病，要及时去除不良修复体。比如不合适的活动假牙边缘过于锐利，长期摩擦口腔粘膜，就会引起创伤性溃疡，去除不良修复体后，溃疡一般会逐渐愈合。牙石刺激：口腔内的牙石刺激也会引发口腔粘膜病，如牙龈炎可能会导致牙龈周围的口腔粘膜红肿等。这时候需要进行洗牙，去除牙石，一般洗牙费用在100 - 500元左右（不同地区不同医院有差异），洗牙后要注意保持口腔卫生，防止牙石再次形成。
注意生活方式调整
饮食方面：口腔粘膜病患者要避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物会刺激口腔粘膜，加重病情。要多吃富含维生素的食物，像新鲜的蔬菜（如菠菜、西兰花等）和水果（如橙子、苹果等），一般每天应保证摄入蔬菜300 - 500克，水果200 - 300克。作息方面：要保证充足的睡眠，一般成年人每天应保证7 - 8小时的睡眠时间，睡眠不足会影响身体的免疫力，不利于口腔粘膜病的恢复。同时要避免过度劳累，保持良好的心态，因为精神紧张也可能会诱发或加重口腔粘膜病。