脸上起扁平疣可通过以下方式治疗：
一、药物治疗：若扁平疣不太严重，可外用药物来处理。
1.水杨酸软膏：其可帮助去除扁平疣，促进症状恢复。
2.维A酸软膏：能发挥去除扁平疣的作用。
3.咪喹莫特乳膏：对扁平疣有一定疗效，利于症状改善。
二、激光治疗：当扁平疣数目较少时，适合采用激光手术治疗。通过高温使皮损组织碳化，从而实现去除扁平疣的效果。
三、液氮冷冻治疗：利用低温让组织坏死脱落，进而达到去除扁平疣的目的，这种方法操作简便且较为安全。
总结：扁平疣的治疗有多种选择，包括药物、激光和液氮冷冻等，具体可根据扁平疣的严重程度和数量等情况来确定合适的治疗方法。