治疗灰指甲常用的药物主要有外用和口服两类。一般来说，口服抗真菌药效果相对更明显，比如伊曲康唑，它是一种广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成来发挥作用。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用的抗真菌药，每周使用1 - 2次即可。它能在甲板上形成药膜，持续释放药物来抑制真菌生长。不过，使用时要注意清洁病甲，保证药物能更好地接触病甲。环吡酮胺乳膏：局部涂抹于病甲周围皮肤，它可以改变真菌细胞膜的完整性，使真菌细胞内容物漏出而起到杀菌作用。但涂抹范围不要过大，避免刺激周围正常皮肤。
口服抗真菌药
伊曲康唑：是脂溶性药物，需要餐后立即服用，采用冲击疗法，比如每次200mg，每天2次，连服7天为一个疗程，停药3周后开始下一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌都有抑制作用。不过，有严重肝脏疾病的患者要慎用，因为它主要通过肝脏代谢。特比萘芬：是一种丙烯胺类抗真菌药物，口服吸收好，生物利用度高。一般成人每次250mg，每天1次，指甲癣需要连续服用6 - 12周，趾甲癣需要连续服用12 - 16周。它主要是抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。但是，有严重肾功能不全的患者要减量使用，因为它主要经肾脏排泄。
辅助治疗方法
在使用药物治疗灰指甲的同时，还可以结合一些辅助方法。比如保持足部清洁干燥，每天更换袜子，鞋子要选择透气的。另外，要避免与他人共用鞋袜、脚盆等生活用品，防止交叉感染。如果病甲情况比较严重，还可以在医生评估后，考虑进行病甲清除术，先把病甲去除，再配合药物治疗，能提高治疗效果，但术后要注意伤口护理，避免感染。