慢性结肠炎常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等。比如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，是治疗轻中度慢性结肠炎常用的药物之一。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。一般开始剂量为每日2 - 3克，分3 - 4次口服。美沙拉嗪： 有多种剂型，如肠溶片、缓释片等。它局部作用于肠道炎症黏膜，减轻炎症反应。通常成人用量每日2 - 4克，分3 - 4次服用。
糖皮质激素类药物
泼尼松： 属于中效糖皮质激素，对于重度活动期的慢性结肠炎有较好的抗炎作用。一般起始剂量为每日30 - 60毫克，根据病情调整剂量。但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。氢化可的松： 可用于急性发作期病情较重的患者，一般采用静脉给药的方式。初始剂量根据病情而定，如严重患者可能需要每日200 - 300毫克。不过长期使用也会带来如满月脸、水牛背、免疫力下降等副作用。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的慢性结肠炎患者。一般起始剂量为每日1 - 2.5毫克/千克体重，需要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起骨髓抑制、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也用于慢性结肠炎的治疗。剂量一般为每日1 - 2.5毫克/千克体重，同样要注意监测血常规和肝功能等，可能出现的不良反应有血液系统抑制、肝脏损害等。
其他药物
益生菌： 如双歧杆菌三联活菌胶囊等。慢性结肠炎患者肠道菌群往往失调，益生菌可以调节肠道菌群，改善肠道功能。一般成人每次1 - 2粒，每日2 - 3次，冷藏保存。止泻药： 对于伴有腹泻症状的慢性结肠炎患者，可短期使用蒙脱石散等止泻药。蒙脱石散一般成人每次3克，每日3次，将药物倒入50毫升温开水中搅匀后服用。但如果是感染性腹泻导致的慢性结肠炎，不能单纯用止泻药，需同时抗感染治疗。