慢性肠炎的用药需根据具体病情来定，一般常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，而对于腹泻明显的情况会用止泻药等。
抗生素类药物
细菌感染引发的慢性肠炎：如果是细菌感染导致的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但需要注意18岁以下人群禁止使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。另外还有黄连素，它对肠道细菌有一定的抑制作用，相对比较安全，副作用相对较小。
止泻类药物
蒙脱石散：这是一种常用的止泻药，它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和病菌，从而达到止泻的效果。一般成人每次可以服用1袋（3克），每天3次，儿童根据年龄减量服用。药用炭片：能吸附肠道内的气体、毒物等，起到止泻作用，不过服用时要注意不能与抗生素同时服用，以免影响抗生素的药效。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，可以调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠炎导致的肠道菌群失调有很好的调节作用。一般成人一次服用3片，一天3次，用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：里面的主要成分地衣芽孢杆菌是有益菌，能消耗肠道内的氧气，创造厌氧环境，促进有益菌的生长，抑制有害菌，从而调节肠道菌群，缓解慢性肠炎引起的腹泻、腹胀等症状，成人一次服用2粒，一天3次。