先天性巨结肠主要症状表现为排便困难，新生儿时期多在出生后48小时内无胎便排出，或仅有少量胎便排出，需借助开塞露等刺激才会排便。随着患儿长大，会出现便秘逐渐加重的情况，几天才排一次便，肚子也会慢慢胀起来。
排便方面的症状
胎便排出延迟：大多数先天性巨结肠患儿在出生后24 - 48小时内没有胎便排出，或者仅有少量胎便排出，这是比较早期的一个典型表现。正常新生儿出生后24小时内就应该排出胎便，如果超过这个时间还没有排胎便，就要警惕先天性巨结肠的可能。顽固性便秘：随着年龄增长，患儿会出现顽固性便秘，排便间隔时间越来越长，比如原本1 - 2天排一次便，后来可能3 - 5天甚至更长时间才排一次便，而且排便很困难，需要借助开塞露、灌肠等方法才能排便。
腹胀表现
进行性腹胀：出生后不久就可能出现腹胀，而且会逐渐加重。小婴儿的肚子会越胀越大，看起来像青蛙肚一样。腹胀严重时，会影响孩子的呼吸，导致呼吸急促等情况。
其他伴随症状
呕吐：部分患儿会出现呕吐症状，呕吐物可能是奶液，严重时可能含有胆汁。这是因为肠道梗阻，食物和气体无法正常通过，向上反流引起的。营养不良：由于长期便秘、肠道功能紊乱，孩子进食后营养物质吸收不良，会出现体重不增、消瘦、贫血等营养不良的表现，孩子看起来比较瘦弱，精神状态也可能比较差。