胃窦炎的治疗药物有多种，常用的如抑酸剂，像质子泵抑制剂中的奥美拉唑等，一般可以抑制胃酸分泌，缓解胃窦炎引起的烧心、反酸等症状。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，比如奥美拉唑，它通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤。不过，孕妇、哺乳期妇女以及对本品过敏者要慎用。H₂受体拮抗剂：像雷尼替丁，能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌。但严重肾功能不全者需调整剂量，8岁以下儿童禁用。
胃黏膜保护剂类药物
铋剂：例如枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、酶等对胃黏膜的刺激，促进胃黏膜修复。不过，严重肾功能不全者禁用，服药期间可能会出现舌苔和大便发黑的情况，这是正常现象。铝碳酸镁：能迅速中和胃酸，并在胃黏膜表面形成保护屏障，还能吸附胆汁酸等。孕妇及严重肾功能不全者要在医生指导下使用，服用时要注意与其他药物间隔1 - 2小时。
抗生素类药物
如果胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，可能需要使用抗生素。比如阿莫西林，它是一种广谱抗生素，但对青霉素过敏者禁用，使用前需要做青霉素皮试。还有克拉霉素，对幽门螺杆菌有较好的抗菌作用，不过可能会引起胃肠道不适等不良反应，肝功能不全者慎用。