胃窦炎的治疗药物需根据具体病情选择，常用的有抑酸剂、胃黏膜保护剂等。一般来说，质子泵抑制剂是常用的抑酸药物，如奥美拉唑，它能有效抑制胃酸分泌，缓解胃窦炎引起的不适症状。
抑酸类药物
质子泵抑制剂： 像奥美拉唑，能特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌，从而减轻胃酸对胃窦黏膜的刺激，一般疗程可能需要4 - 8周左右。H₂受体拮抗剂： 例如雷尼替丁，通过阻断组胺H₂受体来抑制胃酸分泌，可用于缓解胃窦炎导致的胃痛、反酸等症状，通常口服后1 - 3小时起效。
胃黏膜保护剂
铋剂： 常见的枸橼酸铋钾，它可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、胃蛋白酶等对胃窦黏膜的侵蚀，促进胃黏膜的修复，服用后可能在数天内改善胃部不适感觉。铝碳酸镁： 能迅速中和胃酸，并吸附胆汁，保护胃窦黏膜，服用后半小时左右可能就能起到缓解烧心、胃痛等症状的作用。
抗感染药物
抗生素： 如果胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，会用到抗生素，如阿莫西林。但抗生素的使用需要遵循规范的联合用药方案，一般是与质子泵抑制剂和铋剂联合使用，疗程通常为10 - 14天。不过，抗生素的使用必须在医生明确有幽门螺杆菌感染的情况下才会应用，不能自行随意使用。
对症治疗药物
促胃肠动力药： 当胃窦炎伴有消化不良、腹胀等症状时，可使用多潘立酮。它能促进胃肠蠕动，加快胃内食物的排空，一般在饭前15 - 30分钟服用，服用后约30分钟可能会感觉腹胀等症状有所缓解。但如果是存在胃肠道出血、机械性肠梗阻等情况的患者则不宜使用。