口腔溃疡的发病原因较为复杂，目前认为多种因素都可能引发，其中约40%的患者有家族遗传倾向。
一、局部创伤因素
口腔内机械刺激： 牙齿残根、残冠或不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，容易导致口腔溃疡。比如牙齿有锐利边缘，持续摩擦口腔黏膜，1-2周内就可能引发溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，也会形成口腔溃疡，这种情况一般1-2周可自愈，但如果反复咬伤同一部位，就可能久不愈合。
二、免疫系统因素
免疫力下降时易发病： 当人体免疫力降低，如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况下，免疫系统对口腔黏膜的保护作用减弱，就容易发生口腔溃疡。有研究显示，免疫力低下人群患口腔溃疡的概率比正常人群高3-4倍。自身免疫性疾病关联： 像白塞病等自身免疫性疾病，也常常伴有口腔溃疡的症状，这类患者除了口腔溃疡外，还可能有眼部、生殖器等部位的病变。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 缺乏维生素B1、B2、B6、B12以及叶酸等，会影响口腔黏膜的正常代谢，从而引发口腔溃疡。比如长期吃素的人，如果不注意补充这些维生素，就容易出现口腔溃疡，一般补充相应维生素后1-2周溃疡会有所改善。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。例如缺锌会影响伤口愈合，导致口腔黏膜修复能力下降，进而引发口腔溃疡。