胎儿停止发育的原因较多，据相关统计，约50% - 60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的。
染色体因素
染色体数目异常：常见的有三体综合征，如21 - 三体、18 - 三体等，这些异常染色体使得胚胎无法正常发育，从而引发胎儿停止发育。例如21 - 三体综合征，是由于第21号染色体多了一条，导致胚胎发育出现严重畸形和功能障碍。染色体结构异常：像染色体缺失、易位等情况也会影响胚胎发育。染色体结构的改变会打乱基因的正常排列和表达，使得胚胎不能按照正常的发育程序进行，进而造成胎儿停止发育。
母体因素
内分泌失调：例如黄体功能不全，黄体分泌的孕激素不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境。一般在怀孕早期，孕激素水平需要维持在一定范围，如果黄体功能不全，孕激素水平较低，就容易导致胎儿停止发育。还有甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都会影响胚胎的生长发育。甲状腺激素对胎儿的神经系统发育等至关重要，甲状腺功能异常会干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病：孕妇患有严重的糖尿病未得到良好控制时，高血糖环境会影响胚胎的代谢，导致胚胎发育异常。还有严重的高血压疾病，孕妇血压过高会影响胎盘的血液灌注，使胎儿得不到充足的营养和氧气供应，从而引发胎儿停止发育。
子宫因素
子宫解剖结构异常：如子宫畸形，像单角子宫、双角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。子宫腔粘连也会对胚胎造成影响，宫腔粘连会使宫腔容积减小，限制胚胎的生长，增加胎儿停止发育的风险。子宫内膜病变：子宫内膜炎会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床。子宫内膜息肉会占据宫腔空间，干扰胚胎的正常发育，增加胎儿停止发育的可能性。
免疫因素
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，孕妇体内的自身抗体可能会攻击胚胎组织，导致胎儿停止发育。母体的免疫系统对胚胎产生排斥反应，破坏胚胎的正常结构和功能，从而引发胎儿停止发育的情况。同种免疫异常：孕妇和胎儿之间的免疫不适应，母体的免疫系统将胎儿视为外来物进行攻击，也会造成胎儿停止发育。这种免疫异常会干扰胚胎的正常生长和发育过程，导致胚胎无法继续存活。