灰趾甲医学上称为甲真菌病，治疗方法主要有外用药物、口服药物以及手术治疗等。一般来说，治疗周期可能较长，需要坚持。
外用药物治疗
局部擦药：可以使用阿莫罗芬搽剂，它能渗透进入甲板发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，需要坚持数月，一般要连续使用6 - 12个月左右才能看到较好效果。不过，外用药物对于较严重的灰趾甲效果相对有限，而且渗透到甲板内部的药物浓度可能不足。锉甲后用药：在使用外用抗真菌药之前，可以先用指甲锉适当锉薄病甲，这样能让药物更好地渗透进去，但锉甲时要注意避免损伤周围皮肤。
口服药物治疗
常用药物：伊曲康唑是常用的口服抗真菌药，它采用冲击疗法，即服用1周停3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。还有特比萘芬，一般每天服用250毫克，连续服用3个月左右，不过服用前需要检查肝功能，因为这类药物可能会对肝功能有一定影响，尤其是有肝脏基础疾病的人要谨慎使用。口服药物对于较严重的灰趾甲效果较好，但需要监测肝肾功能等指标。
手术治疗
拔甲术：对于单发的较严重的灰趾甲，可以考虑拔甲。但拔甲后新长出来的指甲有可能再次被感染，而且拔甲后需要配合抗真菌药物治疗，并且在拔甲后的一段时间内要注意保护创面，避免感染。不过，现在手术拔甲应用相对较少，因为口服药物和外用药物联合治疗效果也在提高。
日常注意事项
保持足部清洁干燥：要经常洗脚，勤换袜子，保持足部的干燥环境，因为真菌喜欢温暖潮湿的环境，这样可以减少真菌滋生的机会。比如每天至少换一次袜子，在运动出汗后要及时清洗脚部并更换干爽的袜子。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等生活用品，防止将真菌传染给他人，也避免再次被感染。例如，在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，不穿公共拖鞋。