肛周湿疹可使用糖皮质激素药膏、钙调磷酸酶抑制剂等药物治疗。一般来说，糖皮质激素药膏中的氢化可的松软膏较为常用，它能快速减轻炎症和瘙痒，通常短期使用效果较好。
外用糖皮质激素药膏
弱效糖皮质激素： 像氢化可的松软膏，适合用于肛周皮肤较薄嫩的部位，比如儿童肛周湿疹时可短期使用，能缓解瘙痒和炎症，但连续使用一般不超过2周。中效糖皮质激素： 如曲安奈德益康唑乳膏，具有抗真菌和抗炎的双重作用，对伴有轻度真菌感染的肛周湿疹有一定疗效，但也不能长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩等不良反应。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 适用于成人肛周湿疹，尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位的肛周湿疹情况，它通过抑制钙调磷酸酶来发挥抗炎作用，不会引起皮肤萎缩等激素类药膏的常见副作用，但刚开始使用时可能会有短暂的灼热感。吡美莫司乳膏： 同样用于成人肛周湿疹，一般耐受性较好，使用后局部刺激反应相对较少，但价格可能相对较高一些。
中药外洗药物
复方黄柏液涂剂： 可以稀释后进行肛周湿敷，能起到清热解毒、消肿祛腐的作用，对肛周湿疹有一定的辅助治疗效果，湿敷时间一般每次15 - 20分钟，每天可进行2 - 3次。苦参汤加减外洗： 由苦参、蛇床子、白鲜皮、马齿苋等中药组成，具有清热燥湿止痒的功效，煎水后待温度适宜时进行肛周外洗，能缓解肛周湿疹的瘙痒等症状，但需要在医生指导下根据个体情况配制使用。
抗组胺药物
口服抗组胺药： 如氯雷他定片，可用于缓解肛周湿疹引起的剧烈瘙痒，一般成人每天服用1次，每次1片，它能通过阻断组胺受体来减轻瘙痒症状，但服用后可能会有嗜睡等不良反应，所以服药期间不宜驾驶车辆或操作机械。西替利嗪片： 也是常用的抗组胺药，成人一般每天服用1次，每次10mg，其引起嗜睡的副作用相对较轻，同样能有效缓解肛周湿疹的瘙痒症状。