输精管疼痛可能由多种原因引起。一般来说，常见原因包括附睾炎，附睾炎可分为急性和慢性，急性附睾炎发作时，阴囊会突然疼痛，疼痛可放射至腹股沟及下腹部，同时附睾肿胀、触痛明显，病程可能持续数天；慢性附睾炎则疼痛相对较轻，可能会反复出现隐痛、坠胀感。
感染因素导致
附睾炎：除了上述急慢性附睾炎外，淋菌性附睾炎也较为常见，多由不洁性接触感染淋病奈瑟菌引起，会出现输精管疼痛、尿道脓性分泌物等症状。还有结核性附睾炎，由结核分枝杆菌感染所致，除了输精管疼痛外，还可能伴有低热、盗汗、乏力等全身症状，病程较长。前列腺炎：当前列腺发生炎症时，炎症可能会波及周围组织，包括输精管，导致输精管疼痛。急性前列腺炎起病急，会有发热、寒战、尿频、尿急、尿痛以及会阴部、耻骨上区疼痛，疼痛也可能放射至输精管部位；慢性前列腺炎症状相对迁延，有尿频、尿急、尿痛、尿不尽感，会阴部、下腹隐痛，也可能引发输精管疼痛。
损伤因素相关
医源性损伤：在进行输精管相关手术时，如输精管结扎术，如果手术操作不当，可能会导致输精管局部损伤，从而引起疼痛。例如，在结扎过程中损伤了输精管的管壁等结构，术后可能会出现输精管疼痛。外力损伤：阴囊部位受到外力撞击等，可能会导致输精管受损，引起疼痛。比如运动时阴囊受到碰撞，就可能使输精管受到牵扯或挫伤，出现疼痛症状。
其他因素影响
精索静脉曲张：精索静脉曲张时，扩张的精索静脉可能会影响局部血液循环，导致输精管周围组织处于淤血状态，进而引起输精管疼痛。患者可能会感觉到阴囊坠胀、隐痛，疼痛可放射至下腹部、腹股沟区，在久站、行走时症状可能加重，平卧休息后可缓解。肿瘤因素：附睾、睾丸等部位的肿瘤也可能会引起输精管疼痛。例如附睾肿瘤，随着肿瘤的生长，可能会压迫、侵犯输精管，导致输精管疼痛，同时可触及附睾部位的肿块。