输精管疼痛可能由多种原因引起。比如，附睾炎是常见原因之一，附睾炎约占男性生殖系统炎症的 1/4，患者除了输精管疼痛，还可能伴有阴囊部位的红肿、发热等症状。
炎症性因素导致的输精管疼痛
附睾炎引发： 细菌感染是附睾炎的常见诱因，像大肠杆菌等细菌可经尿道逆行感染附睾。除了输精管疼痛，患者阴囊会有坠胀感，疼痛可放射至下腹部及腹股沟区。前列腺炎波及： 前列腺炎也可能导致输精管疼痛，约 50%的前列腺炎患者会出现盆腔疼痛综合征，其中就包括输精管区域的牵涉痛，同时可能伴有尿频、尿急等排尿异常症状。
梗阻性因素造成的输精管疼痛
先天性梗阻： 先天性输精管缺如较为少见，发生率约为 1/1000，这是一种先天性发育异常，会导致输精管不通畅，进而引起疼痛不适。后天性梗阻： 输精管结扎术后也可能出现疼痛，部分男性在结扎术后数月至数年可能出现痛性结节，表现为输精管局部疼痛，结节大小一般在 0.5 - 1 厘米左右。
外伤性因素引起的输精管疼痛
阴囊外伤： 阴囊受到撞击等外伤时，可能损伤输精管，导致疼痛。比如运动中阴囊被踢到，就有可能造成输精管的损伤，出现局部疼痛、肿胀等表现。医源性损伤： 如输精管造影等医疗操作时，如果操作不当，也可能损伤输精管，引起疼痛，这种情况相对较少见，但一旦发生会给患者带来明显的疼痛不适。