孩子总是肛门疼可能由多种原因引起。比如，肠道寄生虫感染是常见原因之一，像蛲虫感染就较为多见，夜间时雌蛲虫会爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤，导致孩子肛门疼。
常见原因一：寄生虫感染
蛲虫感染： 多见于5 - 9岁儿童，孩子会感觉肛门奇痒，尤其夜间更明显，因搔抓还可能引起肛门皮肤破损，从而加重疼痛。蛔虫等其他寄生虫： 蛔虫在肠道内活动，也可能刺激肛门，导致孩子肛门不适、疼痛。
常见原因二：局部皮肤问题
肛周湿疹： 孩子肛周皮肤潮湿、不透气等易引发湿疹，表现为肛门周围皮肤发红、瘙痒、疼痛，孩子会不自觉去搔抓肛门，加重疼痛。尿布皮炎： 长时间使用不透气的尿布，尿液、粪便刺激肛周皮肤，可引起肛门疼，尤其在换尿布时可能明显感觉到孩子疼痛。
常见原因三：肠道炎症
细菌性痢疾： 孩子可能有腹泻、腹痛，同时肛门也会有坠胀、疼痛之感，大便可能带有脓血。肠炎： 多种原因引起的肠炎，如感染性肠炎，炎症刺激肠道及肛门，导致孩子肛门疼，还可能伴有腹泻、腹胀等症状。