孩子肛门痛可能由多种原因引起，比如常见的肠道寄生虫感染，像蛲虫感染就比较容易导致孩子肛门痛，尤其是在夜间，雌虫会爬出肛门产卵，刺激肛周皮肤引起瘙痒、疼痛，这种情况在儿童群体中较为多见。
一、寄生虫感染因素
蛲虫感染： 蛲虫是常见的肠道寄生虫，多见于儿童。雌虫在夜间会爬出肛门产卵，此时会刺激肛门周围皮肤，导致孩子肛门剧烈瘙痒，进而可能因搔抓等出现疼痛。一般来说，蛲虫感染在卫生习惯较差的儿童中更易发生。蛔虫感染： 蛔虫感染也可能间接导致肛门不适，如果蛔虫在肠道内活动异常，偶尔也可能蠕动到肛门附近，引起肛门的异样感甚至疼痛，但相对蛲虫感染导致肛门痛的情况较少见。
二、局部皮肤问题
肛周湿疹： 孩子肛门周围皮肤如果长期处于潮湿、不透气的环境，容易引发肛周湿疹。比如孩子大便后没有及时清洁干净，尿液、粪便等刺激肛周皮肤，就可能诱发湿疹，出现肛门周围皮肤发红、瘙痒、疼痛等症状。而且孩子如果经常用手搔抓肛周，会进一步加重湿疹和疼痛情况。尿布皮炎： 对于还在使用尿布的婴幼儿，如果尿布更换不及时，尿液和粪便持续刺激肛门周围皮肤，很容易引发尿布皮炎，表现为肛门周围皮肤发红、溃烂，伴有疼痛，孩子会因为疼痛而哭闹不安。
三、肛肠疾病因素
肛裂： 孩子如果大便干燥、粗硬，在排便时容易撑裂肛门皮肤，导致肛裂，出现肛门疼痛，同时可能伴有便血，鲜血通常附着在粪便表面。比如有些孩子因为饮食中蔬菜、水果摄入过少，水分摄取不足，就容易出现大便干结，从而引发肛裂导致肛门痛。肛瘘： 相对较少见，但也可能发生。肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，一般是由肛周脓肿破溃后形成，孩子会感觉肛门周围反复疼痛、有脓性分泌物渗出等情况。不过肛瘘在儿童中的发生率比成人低很多。