扁桃体发炎常用的药物有抗生素类，比如细菌感染引起的扁桃体发炎，常用青霉素类抗生素，像阿莫西林等，一般用药后数天内症状会有所改善。
抗生素类药物
青霉素类： 阿莫西林是常见的青霉素类药物，对大多数引起扁桃体发炎的链球菌等有抗菌作用，通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌作用。头孢类： 头孢菌素类药物如头孢拉定等也可用于扁桃体发炎的治疗，它能阻碍细菌细胞壁的合成，从而达到杀菌效果，不过对青霉素过敏者需谨慎使用。
清热解毒类中成药
蓝芩口服液： 具有清热解毒、利咽消肿的作用，可缓解扁桃体发炎引起的咽痛、咽干等症状，一般成人一次10毫升，一天3次。蒲地蓝消炎口服液： 能清热解毒、抗炎消肿，对扁桃体发炎有一定疗效，儿童用药需根据年龄和体重调整剂量。
对症治疗药物
退烧药： 如果扁桃体发炎伴有发热，体温超过38.5℃时，可使用对乙酰氨基酚来退热，成人一次0.5克，若持续发热或疼痛，可间隔4-6小时重复用药一次，24小时内不超过2克；儿童则需按体重计算用量。含漱液： 比如复方硼砂含漱液，能清洁口腔、杀菌消炎，缓解扁桃体发炎引起的不适，使用时按一定比例稀释后漱口，一天多次。