溃疡性结肠炎的治疗方法有多种。一般来说，药物治疗是主要手段之一。
药物治疗方面
氨基水杨酸制剂：
柳氮磺吡啶：是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻、中度溃疡性结肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。美沙拉嗪：也是氨基水杨酸类药物，疗效与柳氮磺吡啶相似，但不良反应相对较少。可以口服，也能灌肠使用，口服适用于轻、中度患者的全身治疗，灌肠则多用于直肠和乙状结肠病变的患者。
糖皮质激素：
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度患者可使用。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多不良反应，如骨质疏松、感染风险增加等。一般开始剂量为每日40 - 60毫克，病情缓解后逐渐减量。布地奈德：局部作用的糖皮质激素，主要用于左半结肠型的溃疡性结肠炎。它全身不良反应相对较少，因为在肝脏首过代谢作用下，进入全身循环的药量较少。
免疫抑制剂：
硫唑嘌呤：
适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性活动性溃疡性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应发挥作用，一般需要服用数月后才逐渐起效，常见的不良反应有骨髓抑制、肝损害等，用药期间需要定期监测血常规和肝功能。
巯嘌呤：
与硫唑嘌呤作用机制相似，可用于溃疡性结肠炎的治疗，尤其适用于对硫唑嘌呤不耐受的患者，同样需要注意血常规和肝功能的监测。
生物制剂治疗：
英夫利西单抗：
是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，对于重度的、对传统治疗药物无效的溃疡性结肠炎患者有较好的疗效。通常需要静脉给药，在使用前需要评估患者的感染情况等，因为可能会增加感染的风险。
阿达木单抗：
也是针对肿瘤坏死因子α的生物制剂，可用于部分溃疡性结肠炎患者的治疗，同样要注意感染等不良反应的发生。
手术治疗：
紧急手术指征：
如出现大出血、肠穿孔，重型患者特别是合并中毒性巨结肠经积极内科治疗无效且伴严重毒血症状者，需紧急手术。
择期手术指征：
对于内科治疗无效、药物不良反应严重影响生活质量，或者怀疑有癌变的患者，可考虑择期行手术治疗，手术方式包括全结肠切除加回肠造口术等。