灰指甲医学上称为甲癣，根治甲癣通常需要综合治疗，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术治疗等方法。正规医院的皮肤科等科室通常治疗甲癣比较好。一般来说，治疗甲癣的外用药物如阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，需要连续使用数月。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1 - 2次，不过通常需要连续使用数月才能看到较好的效果。环吡酮胺乳膏： 也可用于甲癣的外用治疗，同样是通过干扰真菌细胞膜的结构与功能来起到抗真菌作用。涂抹在病甲周围的皮肤上，要注意按照疗程使用。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药物，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续服用数月。它可以抑制真菌的麦角固醇合成，从而达到抗真菌效果。但需要注意的是，服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响。特比萘芬： 也是常用的口服抗真菌药，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的关键步骤。一般每天服用一次，疗程通常需要3个月左右，具体要根据病甲的生长情况来定。
手术治疗
病甲拔除术： 对于单发的甲癣，可以考虑手术拔除病甲。不过手术拔除病甲后，新长出的指甲有可能还会再次被真菌感染，所以术后通常需要配合外用或口服抗真菌药物治疗。一般术后需要定期换药，观察甲床恢复情况以及新甲生长情况。在治疗甲癣时，还需要注意个人卫生，保持手足清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。同时，要坚持按照医生制定的治疗方案进行治疗，因为甲癣的治疗周期相对较长，需要有耐心。如果是患有糖尿病等基础疾病的患者，还需要积极控制基础疾病，因为这类患者甲癣更容易复发或难以治愈。