两边肩膀不一样高可能由多种情况引起。一般来说，约有5%-10%的人存在一定程度的双肩不等高情况，其中不少是生理性的，但也可能是某些疾病导致。
先天性因素导致
脊柱侧弯：这是常见原因之一，胚胎发育过程中脊柱生长异常可能引发。轻度脊柱侧弯可能仅表现为双肩不等高，随着生长发育，侧弯可能逐渐加重，影响心肺功能等。先天性肩胛骨发育异常：比如一侧肩胛骨位置比另一侧高，可能出生时就存在，与胚胎时期肩胛骨发育过程中的异常有关。
姿势性因素
长期不良姿势：长时间单肩背包、伏案工作且姿势不正确，会导致双肩不等高。例如，长期习惯用一侧肩膀背包，会使一侧肩带拉紧，肌肉长期处于紧张状态，久而久之影响肩部骨骼肌肉的平衡，一般这种情况通过纠正姿势可能会有所改善，但如果长期不纠正，可能会加重。儿童发育期姿势问题：儿童在生长发育阶段，如果坐姿、站姿不正确，也容易出现双肩不等高。比如经常弯腰驼背，会影响脊柱及肩部的正常形态。
疾病性因素
神经系统疾病：如小儿麻痹症，患病一侧的肩部肌肉可能会萎缩，从而导致双肩不等高。小儿麻痹症是由脊髓灰质炎病毒引起的急性传染病，会影响神经对肌肉的支配，进而影响肩部肌肉的功能。肩部外伤后恢复不良：肩部受到严重外伤后，如骨折后复位不佳等，可能会导致双肩不等高。例如肩部骨折后没有得到正确的治疗和康复，骨骼愈合异常，就会出现双肩不对称的情况。