新生儿消化不良常见的症状有吃奶量减少，比如原本一次能吃60毫升奶，现在可能只能吃40 - 50毫升。还可能出现吐奶，呕吐物有酸臭味，有时是刚吃进去的奶，有时会夹杂着未消化的奶块。
大便方面的症状
大便次数改变： 可能出现大便次数增多，正常新生儿每天大便次数在2 - 5次左右，消化不良时可能增加到6 - 8次甚至更多。而且大便性状也会变化，可能变得稀薄，呈水样便或者含有较多奶瓣，奶瓣通常是未消化的脂肪和蛋白质。大便气味异常： 消化不良的大便往往气味比较酸臭，这是因为食物在肠道内不能充分消化吸收，被肠道细菌分解发酵产生了特殊气味。
腹部表现症状
腹胀： 新生儿的肚子会看起来比平时鼓胀，用手轻轻触摸能感觉到腹部较硬。这是由于消化不良导致肠道内气体积聚或者食物排空不畅引起的。肚子不舒服： 新生儿可能会出现频繁哭闹，尤其是在吃奶后或者夜间，这是因为腹部不适，通过哭闹来表达。有的新生儿还会有蹬腿等动作，好像肚子里有不适感。
精神状态症状
精神欠佳： 消化不良可能会影响新生儿的整体精神状态，表现为比平时爱睡觉，或者精神比较萎靡，对周围环境的反应不如以往灵敏。比如平时听到声音会有反应，现在反应变得迟钝。不过这并不是绝对的，也有的新生儿可能会因为腹部不适而烦躁不安，但整体精神活力不如正常状态。