溃疡性结肠炎的治疗药物有多种，常用的氨基水杨酸制剂是基础用药，比如柳氮磺吡啶，一般需要规律服用数周甚至数月。
氨基水杨酸制剂
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物能抑制肠道炎症反应，像美沙拉嗪就比较常用。它可以局部作用于结肠黏膜，减轻炎症。适用情况：轻度至中度溃疡性结肠炎患者初始治疗常选用。
糖皮质激素
全身性糖皮质激素： 如泼尼松，对于中重度溃疡性结肠炎急性发作有较好的抗炎作用。使用注意：一般在氨基水杨酸制剂疗效不佳时考虑使用，且不能长期大量使用，因为可能会引起如骨质疏松、感染等不良反应。局部糖皮质激素：例如布地奈德混悬液，可通过直肠给药，局部作用于肠道炎症部位，全身不良反应相对较少。
免疫抑制剂
硫嘌呤类药物： 像硫唑嘌呤，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的患者。作用机制：通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能看到效果。甲氨蝶呤：也可用于部分溃疡性结肠炎患者的治疗，不过使用时需要密切监测血常规、肝肾功能等指标。
生物制剂
肿瘤坏死因子拮抗剂： 如英夫利西单抗，对于传统治疗无效的重度溃疡性结肠炎患者可能有效。使用前提：需要在有经验的医生评估下使用，因为这类药物可能会增加感染等风险。