溃疡性结肠炎的治疗药物需根据病情严重程度等选择，常用的有氨基水杨酸制剂，比如柳氮磺吡啶，一般来说轻度溃疡性结肠炎可选用这类药物，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，发挥抗炎作用。
氨基水杨酸制剂
5-氨基水杨酸制剂： 除了柳氮磺吡啶，还有美沙拉嗪等。美沙拉嗪有不同剂型，像缓释片、灌肠剂等。对于病变局限在直肠的患者，可使用美沙拉嗪灌肠剂；病变累及全结肠的，可能需要口服美沙拉嗪缓释片。
糖皮质激素
适用于中重度患者： 如泼尼松、泼尼松龙等。当氨基水杨酸制剂疗效不佳时，中重度溃疡性结肠炎患者可考虑使用糖皮质激素。不过，糖皮质激素一般不长期使用，因为可能会有较多副作用，比如长期使用可能导致骨质疏松、感染风险增加等。
免疫抑制剂
用于激素治疗无效或依赖者： 例如硫唑嘌呤、巯嘌呤等。对于一些对糖皮质激素治疗反应不佳或者需要长期使用激素的患者，可加用免疫抑制剂。这类药物起效相对较慢，一般需要数月才能见到明显效果，而且在使用过程中需要监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起骨髓抑制、肝损伤等不良反应。
生物制剂
针对重度难治性患者： 比如英夫利西单抗等。生物制剂是比较新的治疗药物，主要用于传统治疗无效、有并发症或者不能耐受传统治疗的重度难治性溃疡性结肠炎患者。但使用生物制剂前需要进行严格的评估，因为可能会增加感染、肿瘤等风险。