克罗恩病的症状多样，常见的有消化道相关症状以及全身表现等。一般来说，约20%-30%的患者会出现腹痛，多位于右下腹或脐周，呈间歇性发作。
消化道症状表现
腹痛： 多数患者有腹痛症状，疼痛部位多在右下腹或脐周，疼痛性质多样，可为隐痛、胀痛，一般呈间歇性发作。活动期由于炎症波及肠壁全层，可出现持续性腹痛和明显压痛。腹泻： 也是常见症状之一，大便次数增多，每日可达数次至十余次不等。粪便多为糊状，一般无脓血和黏液，但病变累及结肠下段或直肠时，可有黏液血便。
全身表现情况
发热： 部分患者会出现发热，多为间歇性低热或中度发热，少数患者可出现高热。发热可能与肠道炎症活动或继发感染有关。营养不良： 由于肠道吸收功能障碍以及慢性炎症消耗等原因，患者可能出现体重减轻、消瘦、贫血、低蛋白血症等营养不良表现，儿童患者还可能影响生长发育。
肠道外表现
关节症状： 部分患者会有关节炎，表现为非对称性、外周大关节炎，可累及膝、踝、腕等关节，出现关节肿胀、疼痛等症状。皮肤表现： 有些患者可能出现结节性红斑、坏疽性脓皮病等皮肤病变。结节性红斑多见于下肢，表现为红色疼痛性结节；坏疽性脓皮病则表现为皮肤溃疡等。眼部表现： 少数患者可出现虹膜睫状体炎、葡萄膜炎等眼部炎症，表现为眼部疼痛、视物模糊等。