闭经的原因有多种。一般来说，下丘脑-垂体-卵巢轴的功能异常、生殖系统的器质性病变等都可能导致闭经。比如，青春期前、妊娠期、哺乳期及绝经后期的闭经是正常生理现象，但病理状态下的闭经原因较多。
内分泌失调相关原因
下丘脑性闭经： 下丘脑是调节内分泌的重要中枢，若精神应激，像突然受重大刺激、长期压力过大等，可能影响下丘脑功能，导致闭经。例如长期处于高强度工作压力下的女性，就可能出现这种情况。另外，体重过低或过高也会影响下丘脑功能引发闭经，当体重低于正常体重的10% - 15%时，常可出现闭经。垂体性闭经： 垂体肿瘤是常见原因之一，垂体肿瘤会影响促性腺激素的分泌，进而导致闭经。比如泌乳素瘤，会使血清泌乳素升高，抑制排卵导致闭经。还有席汉综合征，是由于产后大出血休克，导致垂体缺血坏死，垂体功能减退，引起闭经。
卵巢性闭经
卵巢早衰： 女性在40岁以前出现卵巢功能衰退称为卵巢早衰，此时卵巢分泌雌激素、孕激素减少，反馈调节使促性腺激素升高，导致闭经。据统计，卵巢早衰的发病率约为1% - 3%。例如一些自身免疫性疾病患者，更容易发生卵巢早衰进而闭经。多囊卵巢综合征： 这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者卵巢内有多个小卵泡，但不能发育成熟排卵，表现为月经稀发甚至闭经，同时常伴有多毛、肥胖等症状。其发病与遗传和环境因素共同作用有关。
子宫性闭经
子宫内膜损伤： 人工流产次数过多，会损伤子宫内膜基底层，导致宫腔粘连，引起闭经。比如多次进行人工流产手术的女性，就有发生宫腔粘连导致闭经的风险。另外，子宫内膜结核也会破坏子宫内膜，引起闭经，子宫内膜结核是由结核杆菌感染引起的，会影响子宫内膜的正常功能。