霉菌性尿道炎主要通过抗真菌药物治疗。一般可以选用氟康唑等抗真菌药物来进行治疗，通常规范用药后能取得较好效果。
药物治疗的选择
氟康唑： 属于三唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。它可口服，对于霉菌性尿道炎有较好的疗效。伊曲康唑： 也是常用的抗真菌药物，同样通过影响真菌细胞膜的合成来发挥作用，可用于霉菌性尿道炎的治疗，一般也是口服给药。
生活方式的调整
保持局部清洁： 每天用清水清洗尿道口等局部位置，保持局部的清洁干燥，这样可以减少真菌滋生的环境。建议每天至少清洗1 - 2次。避免不洁性行为： 霉菌性尿道炎可能通过性接触传播，所以患病期间应避免不洁性行为，防止交叉感染，传染给性伴侣。
饮食方面的注意事项
增加水分摄入： 多喝水，每天至少饮用1500 - 2000毫升的水，多排尿，通过尿液的冲刷作用，有助于将尿道内的真菌等病原体排出体外。避免辛辣刺激性食物： 像辣椒、花椒等辛辣刺激性食物，食用后可能会加重尿道的不适症状，应尽量避免食用。同时也要减少饮酒，酒精会刺激尿道，不利于病情恢复。