肛门疼、轻微出血可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。初期肛裂仅在肛管皮肤上有小裂口，有时可自愈。陈旧性肛裂裂口边缘发硬，基底紫红，有哨兵痔和肛乳头肥大等并发症。
2.痔疮：内痔或混合痔均可引起肛门疼痛，通常为内痔或混合痔发展到一定程度的并发症。内痔或混合痔发展到一定程度时，可脱出肛门外，内痔或混合痔可发生嵌顿，并有水肿、感染、坏死等情况，此时则会出现肛门疼痛。
3.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，在病程中也会出现肛门疼痛，伴有大便习惯改变、大便性状改变、肛门出血、贫血、消瘦等全身症状。
4.肛门损伤：如肛门部外伤、肛裂或手术切开后，因局部感染、引流不畅等原因，可导致肛门疼痛。
5.肛门直肠周围炎症：如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，也可出现肛门疼痛，伴有肛门局部红肿、发热、坠胀等症状。
6.其他：如克隆氏病、溃疡性直肠炎、肠结核等肠道炎症性疾病，也可出现肛门疼痛，伴有腹泻、黏液脓血便等症状。
如果出现肛门疼、轻微出血的症状，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。