骨折三个月了还有些痛可能存在以下原因：
一、骨折未愈合：像下肢的骨折以及距骨骨折等情况，比较容易出现骨延迟愈合甚至骨不连的现象。骨折处如果没有愈合，在走路时就会引发疼痛，可能导致骨折断端疼痛，严重情况下还可能造成骨折断端的骨折移位。遇到这种情况，要及时前往医院。同时，可以遵循医嘱服用促进骨折愈合的药物及钙片，比如骨肽片、阿法骨化醇软胶囊、碳酸钙D3咀嚼片等，还可以适当增加营养摄入来促进恢复。
二、软组织未修复：骨折发生时往往伴随着软组织损伤，软组织损伤的恢复需要一定时间，有时会形成疤痕愈合，从而导致残留有软组织损伤处的疼痛。如果患者锻炼不及时，也可能致使局部肌肉萎缩、关节僵硬以及局部骨质疏松等问题，进而引起走路时疼痛。平时要加强功能锻炼，同时注意补充钙剂。
三、静脉回流不畅：由于局部损伤极其严重，使得静脉遭受巨大破坏，进而导致静脉出现回流不畅的状况。在活动时局部会有较为严重的肿胀，这属于正常现象。可以通过将患肢抬高使其高于心脏，以促进静脉回流，患肢要注意保暖，也可进行局部热敷。但如果经过局部彩超检查发现患者存在下肢静脉血栓形成，这就会导致局部肿胀，这属于异常现象。而骨折处因制动等原因引起肌肉萎缩，导致静脉回流不畅会使骨折处更加敏感，从而引发疼痛。可遵医嘱服用华法林钠片、利伐沙班片、达比加群酯胶囊等药物进行治疗。
总之，骨折三个月后还有疼痛需要重视，要及时就医明确原因，并在医生的指导下进行针对性的处理和治疗。