大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后可因括约肌收缩而引起剧痛。
3.内痔或混合痔：内痔或混合痔发展到一定程度即能脱出肛门外，内痔或混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，也会导致剧烈疼痛。
4.肛管及周围炎症：肛门周围皮肤毛囊汗腺炎、肛腺炎、肛周脓肿、肛瘘等，均可引起肛门疼痛。
5.肛门损伤：如肛裂、侧切等手术或外物撕裂肛管，会导致肛门疼痛。
6.其他：如肛门直肠神经官能症、阴部神经症候群等，也会导致肛门疼痛。
总之，引起大便时肛门疼的原因较多，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。