胆结石手术一般来说出现严重后遗症的概率较低，但仍可能存在一些情况。比如胆管损伤，发生率约为0.1%~0.5%，这是因为手术中解剖关系复杂等原因可能导致胆管被意外损伤；再比如胆瘘，发生概率大概在1%左右，是由于胆囊床或者胆管缝合处愈合不良等引起胆汁漏出。
术后感染风险
切口感染：如果患者本身有糖尿病等基础疾病，或者手术切口护理不当，就容易发生切口感染。一般来说，正常人群术后切口感染概率在3%以内，但糖尿病患者感染概率会升高，可能达到10%以上。腹腔感染：相对来说比较少见，概率在0.5%以下，但一旦发生后果较严重。多是因为手术区域有残留的细菌等引起腹腔内炎症。
消化功能影响
短期消化不适：术后短期内，约有20%~30%的患者会出现消化不良的情况，表现为腹胀、恶心、食欲减退等。这是因为胆囊切除后，胆汁的储存和排放模式改变，影响了脂肪的消化过程。一般经过3~6个月的适应，大部分患者症状会缓解。长期脂肪消化影响：少数患者（约5%左右）可能会长期存在脂肪消化不良的情况，在进食较多油腻食物后，更容易出现腹泻等症状。不过通过调整饮食结构，比如减少高脂肪食物摄入，补充脂溶性维生素等，大多可以改善。
结石复发相关
残余结石或复发：虽然手术切除了胆囊，但胆管内仍有可能形成结石，概率在5%~10%左右。这是因为胆管本身可能存在胆汁成分异常等情况，导致结石再次形成。如果是肝内胆管结石患者进行胆囊切除手术，术后残余或复发结石的概率可能会更高一些。胆管结石形成原因：主要是因为胆汁中的胆盐、胆固醇、胆红素等成分比例失调，或者胆管有炎症、狭窄等因素，使得胆汁中的成分容易析出形成结石。总之，胆结石手术虽然有一定出现后遗症的可能，但现在随着手术技术的提高，大部分患者预后良好。医生会在术前充分评估患者情况，术中尽量避免并发症发生，术后也会指导患者进行康复和预防复发等措施。