西咪替丁是一种常用的抑制胃酸分泌的药物，但使用时也可能出现一些副作用。一般来说，西咪替丁的副作用发生率约在5%~10%左右。
神经系统方面的副作用
中枢神经系统抑制：部分人使用西咪替丁后可能出现头晕、嗜睡等情况。比如一些患者在用药后会感觉精神不济，想睡觉，这是因为西咪替丁可能通过血脑屏障，对中枢神经系统产生一定抑制作用。中枢神经系统兴奋：少数人可能出现兴奋、躁动、幻觉、焦虑等症状。有个别患者在服用西咪替丁后变得比较烦躁，出现莫名的兴奋表现。
消化系统方面的副作用
腹泻、腹胀：使用西咪替丁可能影响胃肠道的正常功能，导致腹泻，大便次数增多且质地较稀；也可能出现腹胀，感觉腹部胀满不适。例如有的患者用药后会出现一天几次稀便的情况，同时肚子总是鼓鼓的。转氨酶升高：有一定概率引起肝功能异常，表现为血清转氨酶轻度升高。虽然大多数情况下这种升高是轻度且可逆的，但也需要密切关注肝功能变化，定期检查转氨酶水平。
血液系统方面的副作用
白细胞减少：西咪替丁可能对骨髓造血功能产生一定影响，导致白细胞数量减少。患者可能会感觉容易感冒、身体抵抗力下降等，因为白细胞减少会使身体抵御病菌的能力变弱。血小板减少：少数人还可能出现血小板减少的情况，这可能会导致皮肤容易出现瘀点、瘀斑，或者有鼻出血、牙龈出血等倾向。
内分泌和生殖系统方面的副作用
男性乳腺发育：对于男性患者，长期或较大剂量使用西咪替丁可能出现男性乳腺发育的情况，表现为乳房增大等。性功能障碍：部分男性可能出现阳痿、性欲减退等性功能方面的问题；女性可能出现月经紊乱等情况，但相对男性乳腺发育和性功能障碍来说，女性月经紊乱的发生率相对低一些。不过这些内分泌和生殖系统的副作用在停药后大多可逐渐恢复。