藿香正气水不能治疗灰指甲。灰指甲是由真菌感染甲板或甲床引起的疾病，而藿香正气水主要成分是藿香、苍术、陈皮、白芷、茯苓等，具有解表化湿、理气和中的功效，用于外感风寒、内伤湿滞或夏季受到寒湿引起的感冒、呕吐、腹泻等症状。
灰指甲的治疗需要使用抗真菌药物，如特比萘芬、伊曲康唑等。如果灰指甲症状较轻，可以使用外用药物，如阿莫罗芬搽剂等。如果灰指甲症状严重，需要口服抗真菌药物。
需要注意的是，使用抗真菌药物治疗灰指甲需要一定的时间，通常需要几个月甚至更长时间，同时需要注意药物的副作用。在治疗过程中，应遵循医生的建议，按时用药，并注意个人卫生，保持足部清洁干燥，避免与他人共用鞋袜、拖鞋等物品，以防交叉感染。
此外，如果怀疑自己患有灰指甲，应及时就医，进行相关检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，应注意避免使用未经医生建议的偏方或药物治疗灰指甲，以免延误病情。