扁平疣可以使用的药膏有多种，比如维A酸类药膏。一般来说，维A酸类药膏如0.1%维A酸乳膏等，能调节细胞分化，对扁平疣有一定治疗作用，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周甚至数月才能看到明显效果。
维A酸类药膏：
0.1%维A酸乳膏： 它通过影响表皮细胞的更新，促进角质层脱落，从而发挥治疗扁平疣的作用。使用时要注意避免用于皮肤破损处，且用药后可能会有轻度的局部刺激症状，如红斑、脱屑等，一般在继续用药过程中会逐渐消失。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，能改善扁平疣的皮损状况。不过，使用他扎罗汀凝胶时也需要注意防晒，因为它可能会增加皮肤对紫外线的敏感性。
抗病毒类药膏：
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能来发挥抗病毒作用，能够抑制病毒的复制，增强机体对病毒的抵抗能力。使用时要保持用药部位清洁干燥，一般每天涂抹数次，连续使用一段时间后观察效果。咪喹莫特乳膏： 它能刺激机体产生干扰素等细胞因子，从而发挥抗病毒和调节免疫的作用来治疗扁平疣。但部分人使用后可能会出现局部皮肤反应，如红斑、糜烂、结痂等，若反应严重应及时就医。
水杨酸类药膏：
水杨酸软膏： 水杨酸具有角质剥脱作用，能促使扁平疣的角质层脱落，从而帮助改善皮损。使用时要注意控制用量和使用范围，避免大面积长期使用，以免引起皮肤过度刺激。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中的水杨酸等成分协同作用，有助于去除扁平疣表面的角质，对扁平疣有一定的治疗效果。使用时要避免接触眼睛和其他黏膜部位。