小儿秋季腹泻并无最佳治疗方法，一旦发现患病应尽快前往正规医院小儿消化科诊治，要遵循医生指导进行治疗，切不可自行用药，以免引发不良后果，比如加重腹泻或出现其他不适症状。以下是具体的治疗措施：
一、一般治疗：
1.注意保暖：适当增添小儿衣物，避免受凉而引发胃肠道不适，进而加重秋季腹泻症状。
2.补充水分：增加温水的摄入量，以满足机体的需求。
二、药物治疗：
1.小儿秋季腹泻大多是由轮状病毒感染引起，需针对性地予以治疗。可在医生指导下使用如蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊等药物，能起到保护肠黏膜以及平衡肠道菌群的作用。
2.口服补液治疗：推荐使用标准枸橼酸钠口服补液盐。轻中度脱水的小儿需要先补足脱水量，然后继续维持补液；如果是用于预防脱水，可在每次腹泻后进行补液，直到症状消失。口服补液可能会出现轻度的恶心、呕吐等不良反应，饭后服用能减轻对胃的刺激。
需要强调的是，小儿秋季腹泻主要集中在秋冬季节爆发，主要的易感人群是6个月至2岁的婴幼儿，且年龄越小发作的几率越大。所以要及时采取有效的治疗来控制症状，避免出现其他诸如发热、脱水、电解质紊乱、休克等并发症，以防导致营养不良、生长发育迟缓等问题。