小儿秋季腹泻并无最佳治疗方法，一旦发现患病需及时前往正规医院小儿消化科，在医生指导下进行治疗，不可自行用药，以免带来不良后果。具体治疗措施包括以下方面：
一、一般治疗：
1.注意给小儿适当增添衣物，避免其受凉引发胃肠道不适而加重秋季腹泻症状。
2.增加温水的摄入，以满足机体的需求。
二、药物治疗：
1.小儿秋季腹泻多因轮状病毒感染，需有针对性地进行治疗。可在医生指导下使用药物，如蒙脱石散能起到保护肠黏膜的作用，双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊可平衡肠道菌群。
2.同时要进行口服补液治疗，推荐使用标准枸橼酸钠口服补液盐。轻中度脱水的小儿需先补足脱水量再继续维持补液；用于预防脱水时，可在每次腹泻后进行补液，直至症状停止。口服补液可能会出现轻度恶心、呕吐等不良反应，饭后服用可减轻对胃的刺激。
由于小儿秋季腹泻主要集中在秋冬季节爆发，6个月至2岁的婴幼儿是主要易感人群，且年龄越小发作几率越大，所以必须及时采取有效治疗来控制症状，防止出现如发热、脱水、电解质紊乱、休克等其他并发症，避免导致营养不良、生长发育迟缓等问题。