类风湿关节炎的发病机制较为复杂，目前认为遗传因素占比较大，大约15% - 20%的类风湿关节炎患者有家族遗传倾向，遗传基因如人类白细胞抗原（HLA） - DR4等与发病相关。
遗传因素方面
基因携带风险： 若家族中有类风湿关节炎患者，其亲属携带相关易感基因的概率相对较高。研究发现，携带HLA - DR4基因的人群患类风湿关节炎的风险比不携带的人群高2 - 3倍。遗传易感性传递： 这种遗传易感性会通过基因的传递影响下一代，使得家族中发病呈现一定的聚集性，但并非携带基因就一定会发病，只是发病风险增加。
感染因素影响
细菌感染关联： 某些细菌感染可能是诱因之一。比如肺炎衣原体感染，有研究发现部分类风湿关节炎患者体内可检测到肺炎衣原体的相关抗体，提示肺炎衣原体感染可能触发了自身免疫反应，导致关节炎症的发生。病毒感染关系： EB病毒感染也被认为与类风湿关节炎发病有关。EB病毒持续感染可能会改变人体的免疫细胞功能，使免疫系统错误地攻击自身关节组织，引发炎症反应，从而逐渐发展为类风湿关节炎。
免疫紊乱作用
自身抗体产生： 患者体内会产生多种自身抗体，其中类风湿因子（RF）是较为常见的一种。当自身抗体出现后，会形成免疫复合物沉积在关节滑膜等部位，激活免疫系统，导致炎症细胞浸润，引起关节滑膜的炎症、增生，进而破坏关节软骨和骨组织，出现关节疼痛、肿胀、畸形等一系列类风湿关节炎的症状。免疫细胞失衡： 免疫系统中的T细胞、B细胞等免疫细胞功能出现紊乱。例如，T细胞的调节功能异常，不能有效地抑制B细胞产生过多的自身抗体；B细胞过度活化，持续产生大量自身抗体，进一步加重免疫紊乱和关节的损伤。