脑积水通常是由多种原因引起的。比如先天性因素，像胎儿在发育过程中，神经管发育异常等情况可能导致脑积水，据统计，先天性脑积水在新生儿中的发生率约为0.3% - 0.5%。
先天性因素导致
神经管发育畸形： 在胚胎发育早期，神经管闭合过程出现障碍，就可能引发脑积水。例如中脑导水管狭窄，这会使得脑脊液循环通路受阻，从而导致脑积水的形成。染色体异常： 某些染色体数目或结构的异常，也可能增加胎儿患脑积水的风险。比如21 - 三体综合征等染色体疾病，常伴有脑积水的表现。
后天性因素导致
颅内感染： 当脑部受到细菌、病毒等感染时，炎症会引起脑脊液循环通路的粘连、梗阻。像化脓性脑膜炎，炎症渗出物可能堵塞脑脊液的正常流通渠道，进而导致脑积水。一般在患严重颅内感染后的数周或数月内可能出现脑积水症状。颅内出血： 新生儿产伤导致的颅内出血，或者脑部外伤引起的颅内出血，如果血液没有及时吸收，会影响脑脊液的正常循环。例如硬膜下出血，血液积聚可能压迫脑脊液循环通路，引发脑积水。颅内肿瘤： 颅内的肿瘤会占据空间，阻碍脑脊液的流动。比如第三脑室、第四脑室部位的肿瘤，容易堵塞脑脊液循环通道，从而引发脑积水。肿瘤的生长速度不同，出现脑积水的时间也有所差异。
其他因素导致
维生素缺乏： 孕妇在孕期如果严重缺乏维生素A等营养物质，可能会影响胎儿脑部的发育，增加胎儿出现脑积水的可能性。药物影响： 孕妇在孕期不合理使用某些药物，也可能对胎儿脑部发育产生不良影响，进而导致脑积水。比如孕期使用了某些具有致畸风险的药物。