手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中以柯萨奇病毒A组的16型（Cox A16）和肠道病毒71型（EV71）最为常见。超过一半的手足口病由EV71和Cox A16引起。
肠道病毒71型（EV71）
特性： EV71是引起手足口病重症和死亡的主要病原体之一。它具有较强的传染性，在人群密集的场所容易传播。传播方式： 主要通过密切接触传播，比如接触被病毒污染的手、毛巾、玩具等物品，也可通过呼吸道飞沫传播。
柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）
特性： Cox A16也是引发手足口病的常见病原体，它引起的病症相对EV71来说，重症情况相对较少，但也会导致患儿出现发热、手足口部位疱疹等典型症状。流行特点： 该病毒在全球范围内都有流行，在儿童群体中较为常见，尤其是5岁以下儿童更容易感染。
其他肠道病毒
埃可病毒： 某些埃可病毒也可引起手足口病，但相对EV71和Cox A16来说，不是主要的致病原。不过在一些局部地区的手足口病疫情中，也能检测到埃可病毒的存在。其他肠道病毒亚型： 还有一些其他肠道病毒的亚型也可能参与手足口病的发病，但它们引起的病例占比相对较低。这些肠道病毒同样可以通过接触和飞沫等途径传播给儿童，尤其是免疫力较低的儿童更容易受到感染。