手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中以柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）和肠道病毒71型（EV71）最为常见。超过一半的手足口病病例是由EV71和Cox A16这两种病毒引起的。
病原体的主要类型
肠道病毒71型（EV71）： EV71是引发手足口病比较严重类型的常见病原体之一。它感染人体后，容易导致患儿出现比较明显的神经系统症状，像嗜睡、易惊、头痛等，严重的还可能引发脑炎、脑干炎等危及生命的情况。柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）： Cox A16也是引起手足口病的常见病原体。感染该病毒后，患儿通常会先出现发热症状，然后口腔、手部、足部等部位会出现疱疹或者溃疡，不过一般症状相对EV71引起的要轻一些。
病原体的传播方式
通过密切接触传播： 比如接触了被病原体污染的手、毛巾、玩具、餐具等物品。例如，一个孩子用了被手足口病患儿污染过的玩具，就有可能被感染。通过呼吸道飞沫传播： 患有手足口病的患儿在说话、咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病原体的飞沫，健康人吸入这些飞沫后就可能被感染。
如何预防病原体感染
注意个人卫生： 要教导孩子勤洗手，尤其是在饭前便后、接触公共物品后。一般建议用肥皂或者洗手液认真清洗双手，洗手时间不少于20秒。避免密切接触患者： 在手足口病流行期间，尽量少带孩子去人群密集、空气流通差的公共场所。如果周围有手足口病患儿，要让孩子远离这些患者，减少被感染的风险。保持环境清洁： 经常对孩子居住的房间进行通风换气，定期对玩具、餐具等物品进行消毒，可以用开水烫或者适当浓度的消毒液擦拭。