手足口病的病原体主要是肠道病毒，其中以柯萨奇病毒A组的16型（Cox A16）和肠道病毒71型（EV71）最为常见。超过一半的手足口病病例是由这两种病毒引起的。
病原体的主要类型
柯萨奇病毒A组16型： 它是引发手足口病的常见病原体之一。这种病毒感染后，通常会导致患儿口腔、手部、足部出现疱疹等典型症状，一般病程相对有一定自限性，但也需要密切观察病情变化。肠道病毒71型： 相比柯萨奇病毒A组16型，肠道病毒71型引起的手足口病往往病情可能更严重些。它除了会引起皮疹等表现外，少数患儿可能出现神经系统受累等较严重的并发症，如无菌性脑膜炎、脑炎等，所以需要格外重视。
病原体的传播特点
通过密切接触传播： 肠道病毒可以通过直接接触患者的唾液、疱疹液、粪便等传播。比如，孩子之间在共同玩耍时，接触到被病毒污染的玩具、餐具等物品后就容易被感染。飞沫传播： 患者在咳嗽、打喷嚏时产生的飞沫中含有病毒，健康人吸入这些带有病毒的飞沫后也有可能被感染。
病原体的流行情况
季节性流行： 手足口病在每年的4 - 7月等时间段容易出现流行高峰。在这个时期，幼儿园、学校等儿童聚集场所要特别做好防控工作，因为儿童群体容易相互传播。人群易感性： 人群普遍对肠道病毒易感，但以5岁以下儿童多见。这是因为5岁以下儿童的免疫系统相对还不够完善，所以更容易受到肠道病毒的侵袭而发病。