停经45天但彩超未见孕囊，存在月经失调、怀孕时间短或宫外孕等可能情况，对应的处理方法有观察、用药、手术等。
一、月经失调。若经化验血HCG数值未升高，那就不是怀孕，而是月经失调。此时可遵医嘱服用黄体酮胶囊等药物来促使月经到来。月经失调是一种常见的妇科疾病，表现为月经周期、经量、颜色等方面的异常。引起月经失调的原因较为复杂，可能包括内分泌紊乱、精神压力过大、过度劳累、营养不良、环境改变等多种因素。
二、怀孕时间短。如果平时月经周期本就不规律且常推迟，那么停经45天时即便已怀孕，也可能因时间较短而暂时看不到孕囊，可过些时日再进行复查。怀孕早期，胚胎的发育尚处于起始阶段，孕囊可能还未完全形成或体积较小，不易被彩超检测到。对于这种情况，需要密切关注身体变化，遵医嘱定期复查。
三、宫外孕。在平时月经周期比较规律且化验显示怀孕的情况下，停经45天彩超未见孕囊可能是宫外孕。如果在附件区发现包块并确定为宫外孕，就需要尽快进行手术治疗。宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外着床发育，以输卵管妊娠最为常见。宫外孕若不及时治疗，可能会导致严重的后果，如腹腔内出血、休克等，甚至危及生命。
总之，停经45天彩超未见孕囊时，需要综合各种因素进行判断和分析，并采取相应的处理措施，同时要密切观察身体状况，如有异常及时就医。