停经45天但B超检查看不到孕囊的原因包括孕周过早、宫外孕、胚胎停止发育等，也可能有其他疾病。
一、孕周过早：
1.在怀孕早期，孕囊可能还较小或不够明显，导致B超难以显示。这或许是因为孕囊发育还不充分，或者对排卵和受精日期的判断存在一定偏差。
2.这种情况下，医生通常会建议进一步检查，以便在孕囊发育更成熟时再次进行B超检测。
二、宫外孕：
1.即受精卵在子宫以外的部位着床，常发生在输卵管。此时子宫内不会显示孕囊。
2.宫外孕还常伴有阴道流血、腹痛或不适等症状。若怀疑宫外孕，应尽快就医进行深入检查和治疗。
三、胚胎停止发育：
1.有时尽管怀孕了，但胚胎的发育停滞或终止。这可能是由于染色体异常、胚胎发育异常或其他因素引起。
2.这种情况通常会伴随停经、乳房胀痛减轻等症状。如果怀疑胚胎停止发育，建议咨询医生进行更全面的评估。
此外，还有如子宫内膜异常、异位妊娠等其他可能性。所以，建议尽早就诊，明确原因，采取针对性治疗。总之，停经45天B超看不到孕囊有多种原因，需要仔细检查和分析以确定具体情况。