停经45天但B超检查看不到孕囊的原因包括：孕周过早、宫外孕、胚胎停止发育，此外还有子宫内膜异常、异位妊娠等其他可能。
一、孕周过早：
在怀孕早期，孕囊可能因发育程度不够或排卵和受精日期确定存在误差等原因，还不够大或不够清晰，导致B超无法显示。这种情况下，医生通常会建议进一步检查，之后在孕囊发育更成熟时再进行B超检查。
二、宫外孕：
受精卵着床在子宫以外的部位，常发生于输卵管。此时B超往往难以显示子宫内有孕囊。宫外孕还可能伴有阴道流血、腹痛或不适等症状。若怀疑宫外孕，应尽快就医进行更深入的检查和治疗。
三、胚胎停止发育：
怀孕虽已存在，但胚胎发育停滞或停止，可能源于染色体异常、胚胎发育异常等因素。这种情况下B超可能无法显示正常的孕囊和胚胎，通常会伴有停经、乳房胀痛减轻等其他表现。若怀疑胚胎停止发育，应咨询医生做进一步评估。
总之，当停经45天B超看不到孕囊时，存在多种原因，应尽快就医，明确具体原因并采取针对性的治疗措施。