慢性疲劳综合症主要症状表现为长期极度疲劳，这种疲劳持续至少6个月以上。
疲劳表现方面
持续且难以缓解的疲劳： 患者会感觉全身乏力，即使经过充分休息也无法恢复精力。比如日常简单的活动，像爬几层楼梯、做一点轻度家务后，就会明显感觉疲惫不堪，这种疲劳感与正常的劳累不同，不会随着休息很快消失。体力和脑力易消耗： 稍微进行体力劳动或者脑力活动，如走一小段路、读几页书，就会让疲劳症状加重，严重影响日常生活和工作学习。
伴随症状方面
睡眠障碍表现： 部分患者会出现入睡困难、睡眠浅易惊醒等情况。有的患者晚上躺在床上很久都难以入眠，即便睡着了，睡眠质量也很差，常常在睡梦中频繁醒来，导致第二天精神更加萎靡。认知功能异常： 可能出现注意力不集中、记忆力减退的现象。在工作或学习中，很难长时间集中注意力去完成任务，而且对近期发生的事情容易遗忘，比如经常忘记刚刚放在哪里的东西等。
其他系统症状方面
肌肉骨骼症状： 会有肌肉疼痛的情况，全身多处肌肉都可能受累，像颈部、肩部、腰部等部位的肌肉容易出现酸痛感。还有关节疼痛，多个关节会时不时感到疼痛，比如膝关节、肘关节等。免疫系统相关表现： 患者可能容易反复感冒，免疫力相对较低，比正常人更频繁地受到病毒等病原体的侵袭，出现感冒、发热等症状。另外，还可能有咽喉疼痛的情况，经常感觉咽喉部位不适、疼痛。