慢性疲劳综合征主要表现为长期（通常持续6个月及以上）的疲劳感，这种疲劳不是通过休息能缓解的。患者还可能伴有睡眠障碍，约50% - 90%的慢性疲劳综合征患者存在睡眠问题，比如入睡困难、睡眠浅、易惊醒等；还会出现认知功能障碍，约有75%的患者会有记忆力减退、注意力不集中等情况；身体上可能有关节疼痛，多为非对称性的关节痛，可累及多个关节；肌肉疼痛也较常见，全身肌肉都可能出现疼痛不适；还有可能出现头痛，头痛的性质和程度因人而异。
疲劳表现特点
持续且难以缓解： 这种疲劳感不同于普通的劳累后疲劳，不会因为休息一晚或者短暂休息就明显减轻。比如普通劳累后睡一觉可能精神就恢复了，但慢性疲劳综合征患者休息后疲劳感改善不明显，会持续存在并影响日常活动。逐渐加重趋势： 多数患者的疲劳感会随着时间推移逐渐加重，一开始可能只是觉得比常人容易累，慢慢会发展到连日常简单的活动，像走路、做家务等都感觉力不从心。
睡眠方面表现
入睡困难情况： 患者往往躺在床上很长时间都难以进入睡眠状态，可能要30分钟甚至更久才能入睡。有的患者会辗转反侧，脑海里思绪纷飞，难以平静下来进入睡眠。睡眠质量差： 睡眠浅，稍微有点动静就容易醒来，而且醒来后很难再入睡。即使睡了一整晚，醒来后还是感觉没休息好，身体依然很疲惫。
认知功能表现
记忆力减退体现： 患者会发现自己记东西变得困难，比如经常忘记刚刚发生的事情，像刚放下的东西放在哪里想不起来，或者刚见过的人的名字也记不住。注意力不集中状况： 在做事情的时候很难集中注意力，比如看书时会频繁走神，工作时无法专注于手头的任务，导致工作效率低下。
身体疼痛表现
关节疼痛特点： 关节疼痛可以发生在身体的多个关节，如膝关节、肩关节、肘关节等。疼痛程度不一，有的患者是轻微的酸痛，有的则是较为明显的刺痛或胀痛，而且疼痛部位不固定，可能今天这个关节疼，明天换另一个关节疼。肌肉疼痛表现： 全身的肌肉都可能出现疼痛，尤其是颈部、肩部、背部的肌肉更容易受累。肌肉疼痛在活动后可能会加重，休息时也难以完全缓解。