急性肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
致病菌感染途径
上行感染： 这是最常见的感染途径。细菌由尿道上行进入膀胱，然后沿输尿管向上蔓延至肾脏，从而引发肾盂肾炎。例如，女性由于尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易发生上行感染。血行感染： 细菌从身体其他部位的感染灶侵入血流，到达肾脏引起肾盂肾炎。这种情况相对较少见，常见于患有皮肤感染、疖痈、扁桃体炎等疾病时，细菌通过血液循环到达肾脏。比如，金黄色葡萄球菌菌血症时，细菌可随血流到达肾脏导致肾盂肾炎。
易感因素
尿路梗阻： 如尿路结石、前列腺增生、先天性尿路畸形等，会阻碍尿液的正常排出，使尿液在尿路中积聚，有利于细菌的生长繁殖，从而增加肾盂肾炎的发病风险。据统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻因素。膀胱 - 输尿管反流： 指排尿时尿液从膀胱逆流至输尿管甚至肾盂的现象。这会使细菌容易在肾脏定植，引发感染。儿童时期膀胱 - 输尿管反流较为常见，随着年龄增长有自行缓解的可能，但也有部分儿童会因此反复发生肾盂肾炎。机体免疫力低下： 如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的患者、艾滋病患者等，由于机体抵抗力下降，容易受到细菌感染，发生肾盂肾炎的几率比正常人高。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，白细胞的吞噬功能减弱，更容易发生泌尿系统感染。
其他相关因素
妊娠： 女性在妊娠期间，由于内分泌的变化和子宫增大压迫输尿管，导致尿液引流不畅，容易发生肾盂肾炎。据报道，妊娠女性肾盂肾炎的发病率约为2%~7%。医源性因素： 如导尿、膀胱镜检查等侵入性操作，可能会将细菌带入尿路，引起肾盂肾炎。在进行导尿操作时，如果不严格遵守无菌操作规范，感染的风险会明显增加。