肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中大肠埃希菌是最常见的致病菌，约占60%~80%。
感染途径之一：上行感染
尿道结构因素：女性尿道短而宽，且距离肛门较近，大肠杆菌等细菌更容易由尿道上行进入膀胱，进而沿输尿管蔓延至肾脏，引发肾盂肾炎。比如，女性在性生活后，就较容易出现上行感染的情况。个人卫生问题：不注意外阴部清洁，细菌容易滋生，增加肾盂肾炎的发病风险。例如，长期不更换内裤、不清洗外阴等。
感染途径之二：血行感染
其他部位感染灶：身体其他部位有感染病灶，如皮肤感染、扁桃体炎、鼻窦炎等，细菌可通过血液循环到达肾脏引起肾盂肾炎。像皮肤疖肿，其细菌可能随着血流跑到肾脏。免疫力低下时：当人体免疫力较低时，血行感染的机会增加。比如患有糖尿病、艾滋病等疾病的人群，自身抵抗力差，容易发生血行感染导致肾盂肾炎。
感染途径之三：淋巴道感染
邻近器官炎症：肾脏周围器官的炎症，如阑尾炎、结肠炎等，其细菌可通过淋巴系统蔓延至肾脏引发肾盂肾炎。例如，阑尾炎发作时，炎症可能通过淋巴途径波及肾脏。淋巴系统异常：当淋巴系统出现病变时，也可能导致细菌经淋巴道感染肾脏。但这种情况相对较少见。