胎儿停育的原因较多，据统计，约50% - 60%的胎儿停育与胚胎染色体异常有关，这是最常见的原因之一。
染色体因素：
胚胎自身染色体异常： 受精卵在形成过程中，染色体发生了数目或结构的异常，这种异常会导致胚胎无法正常发育，从而引发胎儿停育。比如常见的三体综合征等染色体数目异常情况。父母染色体异常遗传： 若父母其中一方的染色体存在平衡易位等结构异常，有可能遗传给胎儿，影响胎儿正常的生长发育，增加胎儿停育的风险。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，易导致胎儿停育。甲状腺功能异常也会影响胎儿的生长，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常发育进程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未得到良好控制、高血压疾病等，会影响胎盘的血液灌注，使胎儿获取营养和氧气不足，进而引发胎儿停育。像患有严重心脏病的孕妇，心功能不全时，无法为胎儿提供足够的血液循环支持。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 如子宫畸形，像双角子宫、纵隔子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间。子宫肌瘤尤其是黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔内的空间，影响胚胎的正常生长，增加胎儿停育的可能性。子宫内膜病变： 子宫内膜炎会破坏子宫内膜的容受性，使胚胎难以着床。子宫内膜过薄，也不利于胚胎的种植和发育，容易导致胎儿停育。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液供应，阻碍胎儿的生长，引发胎儿停育。比如抗磷脂综合征患者，自身抗体攻击胎盘血管，造成胎盘功能不良。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，也会导致胎儿停育。这种情况在反复发生胎儿停育的孕妇中较为常见。