胎儿停育的原因较多，据相关统计，约50%-60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体因素
胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一。受精卵在形成过程中，染色体可能发生数目或结构的异常，比如21 - 三体、18 - 三体等染色体数目异常，或者染色体片段缺失、重复等结构异常，从而导致胚胎无法正常发育，最终停育。父母染色体异常： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等情况，也可能遗传给胚胎，影响胚胎的正常染色体组成，增加胎儿停育的风险。比如父亲或母亲携带平衡易位染色体，其孕育的胚胎很可能继承异常染色体，引发停育。
母体因素
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易导致胎儿停育。临床研究发现，约有20% - 25%的早期流产与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会影响妊娠，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会干扰胚胎的正常发育进程，增加胎儿停育的可能性。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会使胎盘供血不足，影响胎儿的氧气和营养供应，进而导致胎儿停育。比如患有未控制的糖尿病，高血糖环境会影响胚胎的生长发育，增加停育风险。
子宫因素
子宫解剖异常： 子宫畸形是常见的导致胎儿停育的子宫因素，像纵隔子宫、单角子宫等，子宫的形态异常会影响胚胎的着床和发育空间，使胚胎难以正常生长。另外，子宫内膜息肉、子宫肌瘤等宫腔内病变，也可能影响胚胎的着床和血供，导致胎儿停育。例如较大的黏膜下子宫肌瘤，会占据宫腔空间，影响胚胎种植，引发停育。宫腔粘连： 多次人工流产、刮宫等宫腔操作可能导致宫腔粘连，使宫腔有效容积减小，内膜损伤，影响胚胎的着床和发育，增加胎儿停育的几率。
免疫因素
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内的自身抗体可能攻击胎盘滋养细胞，影响胎盘的血液供应，导致胎儿缺氧、发育受阻，进而出现胎儿停育。比如抗心磷脂抗体阳性的孕妇，发生胎儿停育的风险相对较高。同种免疫异常： 孕妇和胎儿之间的免疫不适应，母体对胎儿产生免疫排斥反应，也可能导致胎儿停育。比如母体免疫系统识别胎儿为“异物”，发动免疫攻击，影响胚胎的正常发育。