没有绝对最好的治疗大脚趾灰指甲的方法，常见的有磨甲涂药、口服药物以及激光治疗等。
一、磨甲涂药：
因为灰指甲的指甲通常比较厚，药剂较难有效渗透到甲板，所以一般先用锉子将大脚趾灰指甲锉磨平整，然后再进行药物涂抹，这样能更好地发挥杀真菌的效果。这种方法能直接针对病甲进行处理，但需要患者有耐心坚持操作。
二、口服药物：
涂抹药物的方式往往比较缓慢、耗时且适用性有一定局限，此时可选择口服抗真菌药如伊曲康唑等。药物进入血液后会流通到病变部位，从而达到杀死真菌的目的。口服药物治疗相对较为系统全面，但可能存在一些副作用，使用时需严格遵循医嘱。
三、激光治疗：
采用二氧化碳点阵激光进行治疗，先在大脚趾指甲板上打出小孔，接着将抗真菌药物涂抹在上面。这种方式具有一定的创新性和针对性，能提高药物的吸收效果。
总之，治疗大脚趾灰指甲需要根据具体情况选择合适的方法，也可综合多种方法来提高疗效。患者在治疗过程中应积极配合，并注意保持足部卫生。